La historia de Sydney Bristow, una brillante estudiante universitaria de 26 años que trabaja en secreto para el SD-6, una supuesta división de la CIA que se ocupa de asuntos "sucios". Después de ser reclutada durante su primer año en la universidad, Sydney descubrió la amarga verdad sobre el SD-6, cuya regla principal es no revelar su identidad a nadie. Sydney ve que SD-6 no es en realidad una división de la CIA, sino que trabaja contra la CIA y los Estados Unidos y su propia vida está en peligro. Sin saber qué hacer, Sydney recurre a la verdadera CIA con la esperanza de eliminar al SD-6, y bajo el mando del agente Michael Vaughn, Sydney se convierte en un agente doble.
