Cuando Phineas, Ferb y Perry siguen al Dr. Doofenshmirtz a través del "Otro dimensionador", aparecen en un universo alterno donde un segundo, y verdaderamente malvado Dr. Doof gobierna sobre el área limítrofe junto con un ejercito de robots. Para salvar a sus amigos de un trágico final, Perry realiza el sacrificio final de revelar su identidad secreta como el agente P. Phineas y Ferb escapan, conocen a sus otros "Yo" de la 2da dimensión y juntos inician su misión para rescatar a Perry. Así comienza una épica batalla en la que nuestros héroes tratan de salvar su casa de las garras del malvado Dr. Doof... y su ornitoborg,
