En la continuación de las aventuras del equipo G.I. Joe, Duke, el segundo en el comando Roadblock, y el resto de los Joes enfrentan una doble amenaza. No sólo su enemigo mortal, Cobra, muestra nuevamente su horrible cabeza, sino que también surge un peligro desde el propio Gobierno estadounidense: podría haber un impostor en la Casa Blanca. Mientras tanto, Snake Eyes busca la paz interna, pero descubre que Storm Shadow sigue vivo.
